La première salle du grand atelier du troisième étage est dominée par Jupiter et Sémélé, réalisé en 1895 pour Léopold Goldschmidt et donné par celui-ci au musée en 1903. Œuvre fascinante, elle aussi agrandie, avec ses colorations éclatantes, bleu, rouge ou vert d'émail qui font songer aux céramiques de Bernard Palissy des parents de Gustave Moreau, elle résume les influences multiples de l'artiste. On peut comparer ce chef-d'œuvre avec l'esquisse datée de 1889 ou avec la seconde version, réalisée sans doute vers 1894-95 pour le futur musée, plus simple et plus monumentale. A partir de sources multiples, Gustave Moreau personnalise le mythe de Jupiter superbe, rayonnant et imberbe tel Apollon.
Dans la seconde salle se trouvent : L'enlèvement d'Europe et Prométhée, mais aussi les énigmatiques Licornes peintes vers 1888. Deux compositions sur le thème de Salomé comptent parmi les œuvres les plus célèbres du musée, Salomé dansant dite "tatouée" en raison du graphisme décoratif comme imprimé sur le corps de la danseuse biblique et L'Apparition, image saisissante de la persistance de la pensée au delà de la mort physique. Le poète, le héros civilisateur est présent de mille façons dans la peinture de Gustave Moreau. La figure centrale du polyptyque de La Vie de l'Humanité daté de 1886, est Orphée charmant les animaux, entre les cycles bibliques d'Adam et de Caïn, sous une lunette représentant un Christ sanglant. Quant à Orphée sur la tombe d'Eurydice, il a clairement une résonance autobiographique, puisqu'il a été peint, vers 1891, après la mort en 1890 de son amie Alexandrine Dureux. La nature est à l'unisson du deuil, le soleil descend à l'horizon, les arbres sont d'un rouge automnal, celui auquel s'appuie Orphée est brisé.
