En avril 1895, Moreau décide de faire construire rue de La Rochefoucauld les grands ateliers nécessaires à la présentation au public de ses oeuvres. Il en charge Albert Lafon, jeune architecte, collaborateur de son vieil ami l'architecte Edouard Louis Dainville. Il sacrifie son atelier, comme le second étage de la maison, afin d'obtenir le maximum de place sur le terrain qu'il possède. Il en conserve l'appartement du premier étage, chargé de tant de souvenirs, et les pièces correspondantes du rez-de-chaussée. Les deuxième et troisième étages sont remplacés par de vastes ateliers vitrés au nord et conçus pour offrir le plus d'espace possible. Au deuxième étage un élégant escalier en spirale mène au troisième étage.
L'atelier du deuxième étage
Au deuxième étage, commence l'atelier conçu spécialement par l'architecte Albert Lafon à la demande de Gustave Moreau en 1895 afin d'y accrocher les toiles de grandes dimensions.
Tyrtée chantant pendant le combat et Les Prétendants, commencés très tôt, ont été agrandis à la fin de 1882, à un moment où le peintre songeait à l'organisation d'une grande exposition - posthume ? - de son œuvre. Quant au Retour des Argonautes, dont la composition était prévue avant 1885, il a été peint vers 1891, puis agrandi après la construction des grands ateliers et repris en 1897. Pour cette grande peinture, sont conservés de nombreux dessins et une maquette en cire du bateau chargé de "toutes les chimères de la jeunesse". "Et pourtant tout est rythmé dans ce groupe symbolique et allégorique de la jeunesse, car il faut que rien ne vienne détruire ou atténuer cette impression de bonheur qui ne peut se rendre que par un ensemble de lignes adoucies, sinueuses et d'une harmonie instable et frappante". Avec Les Filles de Thespius, on ne peut s'empêcher de songer au Bain turc, le chef-d'œuvre tardif d'Ingres, devant cette glorification tardive de la jeunesse par l'artiste vieillissant.
A côté de tableaux qui sont le résultat de travaux sans cesse repris, il en est d'autres exécutés rapidement et non repris comme Les Chimères qu'il aurait mené à bien en quatre mois (il l'a laissé largement à l'état de dessin sur toile) ou Moïse sauvé des eaux, aux rouges et noirs flamboyants, peint vers 1893.
L'atelier du troisième étage
La première salle du grand atelier du troisième étage est dominée par Jupiter et Sémélé, réalisé en 1895 pour Léopold Goldschmidt et donné par celui-ci au musée en 1903. Œuvre fascinante, elle aussi agrandie, avec ses colorations éclatantes, bleu, rouge ou vert d'émail qui font songer aux céramiques de Bernard Palissy des parents de Gustave Moreau, elle résume les influences multiples de l'artiste. On peut comparer ce chef-d'œuvre avec l'esquisse datée de 1889 ou avec la seconde version, réalisée sans doute vers 1894-95 pour le futur musée, plus simple et plus monumentale. A partir de sources multiples, Gustave Moreau personnalise le mythe de Jupiter superbe, rayonnant et imberbe tel Apollon.
Dans la seconde salle se trouvent : L'enlèvement d'Europe et Prométhée, mais aussi les énigmatiques Licornes peintes vers 1888. Deux compositions sur le thème de Salomé comptent parmi les œuvres les plus célèbres du musée, Salomé dansant dite "tatouée" en raison du graphisme décoratif comme imprimé sur le corps de la danseuse biblique et L'Apparition, image saisissante de la persistance de la pensée au delà de la mort physique. Le poète, le héros civilisateur est présent de mille façons dans la peinture de Gustave Moreau. La figure centrale du polyptyque de La Vie de l'Humanité daté de 1886, est Orphée charmant les animaux, entre les cycles bibliques d'Adam et de Caïn, sous une lunette représentant un Christ sanglant. Quant à Orphée sur la tombe d'Eurydice, il a clairement une résonance autobiographique, puisqu'il a été peint, vers 1891, après la mort en 1890 de son amie Alexandrine Dureux. La nature est à l'unisson du deuil, le soleil descend à l'horizon, les arbres sont d'un rouge automnal, celui auquel s'appuie Orphée est brisé.
